1. 投资者地位不同。债券持有人是债券发行人的债权人，享有到期收回本息的权利；股票持有人是公司的股东，有权对公司的重大决策发表自己的意见，反映了投资者和被投资者是一种产权关系；基金单位的持有人则是基金的受益人，体现了一种信托关系。
2. 风险程度不同。一般情况下，债券的本金能得到保证，收益相对稳定，风险比基金小；股票的风险比基金大。因为对中小投资者而言，由于受可支配资产总量的限制，只能直接投资于少数几只股票，风险较大；而基金的基本投资原则是组合投资，分散风险，把资金按不同的比例分别投资于不同期限、不同种类的有价证券，便于把风险降到最低程度。
3. 收益情况不同。基金和股票的收益是不确定的，债券的收益是确定的。一般情况下，基金的收益比债券高。
4. 投资方式不同。股票、债券属于直接投资，基金为间接投资，由专家具体负责投资方向的确定、投资对象的选择等。
5. 价格决定不同。在外部环境相同的情况下，基金的价格主要决定于资产净值；影响债券价格的主要因素是利率；而股票的价格受供求关系的影响巨大。
6. 投资回收方式不同。债券投资是有一定期限的，期满后收回本金；股票投资是无期限的，除非公司破产、进入清算，投资者不能从公司收回投资，只能从证券交易市场上按市场价格变现；开放式基金一般没有期限，投资者可以随时向管理人要求赎回。