从长期来看，少部分的股票投资对债券基金的整体收益影响明显。尤其是在股市环境整体走好的情况下，债券基金的收益中相当部分可能来自股市的一二级市场。
从过去三年情况来看，2008年是债券市场的大牛市，绩优债券基金业绩主要来源于债券投资，而少部分投资股票的债券基金亏损明显。2009年，股市处于小牛市环境，股票投资对债券基金收益的影响显著，股票配置比例较高的债券基金收益也相应。2010年的结构性震荡市中，债券基金的股票投资部分总体上贡献了正收益，但也有部分债券基金在股票投资上折戟。2011年上半年，股票投资部分对债券基金收益的影响关系不显著。可见，在股市投资机会不明确的市场环境下，选择二级债基对低风险偏好投资者而言还是意味着一定的投资风险。
拿股票投资比例为0的纯债基金投资来看，在过去三年中纯债券基金都取得了正收益，固定的票面利率为基金收益提供了保证。在股市大熊市的2008年，债市走出一轮牛市，纯债基金收益较高；其原因一是2008年上半年利率维持在一个相对较高的水平，增加了债券的票息回报；二是2008年下半年进入降息通道中，债市整体上涨，增加了债券基金的价格回报。
但相比一级债基而言，纯债基金在多数时间优势并不明显，其原因是一级市场提供了额外的低风险收益。从2008、2009、2010年的实际情况来看，绝大多数一二级债券型基金都取得了正收益，只有少数债券基金出现了亏损。而债券基金的收益与其在一二级市场的收益密切相关。2008年表现靠前的基本是一级债基；2009年股市小牛市中，表现靠前的基本是二级债基；而2010年股市的结构性震荡市中，一级债基重新领跑排行榜。
在过去的多数时间，一级债基收益都领先于纯债基金，其原因是长期以来新股申购市场的收益较有保障，类似于无风险收益。而在2011年，新股频繁破发后，一级债基开始落后于纯债基金。可见，对于纯债基金和一二级债券基金的配置选择，也需要投资者对股市的一二级市场进行主动判断。
考虑下半年投资，我们认为债券基金的投资者不妨配置倾向积极，更多配置二级债基。主要有两方面的益处：一是股市结构性机会大于风险，结合债券基金灵活的股票投资，股票部分投资有望给投资能力强的二级债基贡献一定的收益；二是债券市场本身也酝酿着多种投资机会，信用债、可转债下半年都有望迎来转机。