我国的公募基金业发展至今最突出的难题莫过于以基金经理频繁变动为代表的管理人员“高换手”。众禄基金研究中心发现，基金经理的变动次数在2009年和2010年已高达245次和307次，2011年上半年更是达到了162次，在基金经理变动中，离职的比例接近了一半，离职的基金经理们，私募是最主要的去处。
此外，以银行高昂佣金为代表的高额费用，已成为整个行业甜蜜的负担。众禄基金研究中心分析，在全行业存量基金资产中，商业银行收取的管理费比例约为30%，若以年均2.4万亿元基金资产计算，银行每年收取的基金管理费近75亿元。再加上基金的申购费、认购费和赎回费等，银行每年从基金销售中获得的各项收入加起来超过100亿元，这个数字已接近整个基金行业的实际营业收入，“公募基金给银行打工”这个说法并不为过。